Os primeiros habitantes que chegaram a estas montanhas eram devotos da Virgem Imaculada Conceição e em honra a ela deram o nome a algumas das minas (Real de Minas de Nossa Senhora da Conceição).
Sua construção foi iniciada em 1769, em 1771 já era uma edificação de tijolo, cal e areia com telhado de palha, realizada pelo sacerdote Esteban Arango, pároco de Marinilla. Em 1859 o Bispo Domingo Riaño ordenou ao sacerdote José Antonio de Aguilar a construção de uma nova igreja, concluída em 1874. A fachada, o relógio, os sinos e muitas outras obras de valor artístico do templo foram doados pelo senhor José Miguel Arismendi, um dos habitantes mais abastados do município naquela época. Seu interior foi projetado por Luciano Jaramillo e Simón Caballero.
